Как мне я не отрабатывать целевое направление полученное при поступлении на бакалавриат, если я поступил в магистратуру на очное обучение? В магистратуру поступил также по целевому направлению, но от другой организации.

Доброго времени суток! 
В принципе если вы продолжаете очное обучение по данному направлению, то отработка у вас не получится по причине учебы. И претензий в данном случае возникнуть не должно. 
Это не исчерпывающая информация.
Дать более подробную консультацию не представляется возможным, так как информации недостаточно, а данные случаи специфичны и индивидуальны.
Если, что-то осталось неясным или нужна дополнительная помощь, обращайтесь  в чат.
Удачи и успехов вам