Здравствуйте, Леонид.
Согласно главы 9.1 Гражданского кодекса Российской Федерации, решения которые принимаются на общем собрании, являются обязательными для всех членов общества.
Статья 181.2. Принятие решения собрания
1. Решение собрания считается принятым, если за него проголосовало большинство участников собрания и при этом в собрании участвовало не менее пятидесяти процентов от общего числа участников соответствующего гражданско-правового сообщества.
Наличие пеней за не оплаченные взносы не является нарушением. Действительно, самым распространенной пеней является 0,2%.
Поэтому если Уставов вашего общества установлены пени, или решением вашего собрания, то являются законными.