Родился в 1984 году в РФ, в 14 лет получил паспорт, в 16 лет уехал из РФ на ПМЖ в Киргизию где жил до сих пор. Неделю назад вернулся в РФ по гос.программе переселения соотечественников, но внутренний паспорт просрочен.

Что делать теперь? Как восстановить паспорт? Нужно ли платить штраф?

Вам следует обратиться с заявлением о замене паспорта по достижении 20 лет. В случае привлечения Вас к административной ответственности за несвоевременную подачу заявления о его замене, можно будет обратиться в суд с жалобой и со ссылкой на то, что Вы по факту по месту жительства на территории РФ проживаете ещё менее 30 дней, которые даются гражданину на сдачу документов для замены паспорта.

В Вашем конкретном случае есть вероятность, что штраф отменят либо изначально протокол составлять не будут.