Здравствуйте. Фатима! в соответствии с п.4 Постановления Правительства РФ от 13.10.2008 N 749 (ред. от 29.07.2015) «Об особенностях направления работников в служебные командировки» (вместе с «Положением об особенностях направления работников в служебные командировки»)
Днем выезда в командировку считается дата отправления поезда, самолета, автобуса или другого транспортного средства от места постоянной работы командированного, а днем приезда из командировки — дата прибытия указанного транспортного средства в место постоянной работы.
А время проезда по распоряжению работодателя подпадает под понятие рабочего времени ( ст.91 Трудового Кодекса РФ), в которое работник исполняет свои трудовые обязанности, в данном случае -связанные с командировкой.
Поэтому действительно вы вашем случае срок командировки не 1 день, а три дня (так как вы вернётесь не в день выезда, а после 00-00 часов следующего дня.Именно за 3 дня вам и обязаны выплатить командировочные