Не будет ли помехой получении квартиры по реновации, если будет офрмлена ипотека на мужа? Или если я буду созаёмщиком по ипотеке?

В квартире предназначенной для реновации я прописана одна без мужа.

Нет, это никак не повлияет. Вам также получите такую же по количеству комнат квартиру при сносе дома.