Организация является обособленным подразделением юр. лица. Руководитель филиала действует на основании доверенности и положения о филиале. Издан приказ,что в отсутствие руководителя его полномочия исполняет заместитель. На основании чего действует заместитель? Что нужно прописывать в договорах?

Без доверенности от имени юридического лица заключать сделки может лишь единоличный исполнительный орган.

Все иные лица для подписания договоров (совершения сделок) должны иметь на руках доверенность с соответствующими полномочиями.

Таким образом, заместитель руководителя филиала для подписания договора должен иметь доверенность, выданную юридическим лицом за подписью единоличного исполнительного органа (генерального директора, директора, управляющей компании).

Если у руководителя филиала есть доверенность с правом передоверия, то он может выдать доверенность заместителю.