Человек прописанный в квартире умер 5 лет назад. Но его не выписали и начисляли коммуналку . Служба водоканала отказывается делать перерасчет за умершего человека . Это правомерно ?

Татьяна, в Вашем случае перерасчет должен быть произведен за последние 3 (года) с момента обращения с заявлением о перерасчете в соответствующую организацию (в вашем случае — водоканал). Для перерасчета необходимо свидетельство о смерти. Перерасчету не подлежат общедомовые нужды.
Однако если в квартире нет приборов учета воды (счетчиков), а имущество принято в наследство, водоканал обязан начислять плату исходя из числа собственников. Здесь нужно смотреть, как начислялась плата.