Здравствуйте, Антон.
Подать административный иск в суд Вы вправе в любое время, хоть до исключения из списков части, хоть после.
При этом, важно не пропустить 3-х месячный срок на подачу иска по статье 219 КАС.
Кодекс административного судопроизводства
Статья 219. Срок обращения с административным исковым заявлением в суд
1. Если настоящим Кодексом не установлены иные сроки обращения с административным исковым заявлением в суд, административное исковое заявление может быть подано в суд в течение трех месяцев со дня, когда гражданину, организации, иному лицу стало известно о нарушении их прав, свобод и законных интересов.
5. Пропуск установленного срока обращения в суд не является основанием для отказа в принятии административного искового заявления к производству суда. Причины пропуска срока обращения в суд выясняются в предварительном судебном заседании или судебном заседании.
6. Несвоевременное рассмотрение или нерассмотрение жалобы вышестоящим органом, вышестоящим должностным лицом свидетельствует о наличии уважительной причины пропуска срока обращения в суд.
7. Пропущенный по указанной в части 6 настоящей статьи или иной уважительной причине срок подачи административного искового заявления может быть восстановлен судом, за исключением случаев, если его восстановление не предусмотрено настоящим Кодексом.
8. Пропуск срока обращения в суд без уважительной причины, а также невозможность восстановления пропущенного (в том числе по уважительной причине) срока обращения в суд является основанием для отказа в удовлетворении административного иска.
О нарушении Ваших прав Вы должны были узнать при расчете, если в командировке были перед исключением из списков части.
Если срок пропустили по уважительной причине, в том числе в связи с нарушением прокуратурой срока рассмотрения Вашей жалобы, срок Вам суд может восстановить.
При этом, судебная практика по вопросу восстановления в списках части сейчас отрицательная и восстанавливают в связи с неполным расчетом крайне редко, основываясь на следующих разъяснениях Верховного Суда