Добрый день! Государственная регистрация юридического лица возможна по месту жительства учредителя, с учетом того, что по адресу возможно осуществлять связь с юридическим лицом.
Пункт 2 ст. 8 Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей».
2. Государственная регистрация юридического лица осуществляется по месту нахождения его постоянно действующего исполнительного органа, а в случае отсутствия постоянно действующего исполнительного органа — иного органа или лица, уполномоченных выступать от имени юридического лица в силу закона, иного правового акта или учредительного документа, если иное не предусмотрено настоящим Федеральным законом.
Ипотека в вашем случае никак не повлияет на регистрацию организации. При выходе участника собственника квартиры, фактически прекращается постоянная связь с юридическим лицом и тем самым у ФНС могут возникнуть вопросы относительно законности нахождения юридического лица.