Я подала иск в суд на заемщика без указания на неустойку,т.е. я написала заявление о частичном отказе от исковых требований в виде неустойки. Но госпошлину я платила. Можно ли указать также в заявлении что я отказываюсь от части исковых требований в виде госпошлины ?

Добрый день, Лилия! Ваше права определять, что Вы хотите взыскать или какую сумму требуете взыскать, но при этом необходимо оплатить госпошлину по сумме исковых требования. Если Вы правильно рассчитали госпошлину, то все правильно. Судебные расходы не входят в цену иска. 

ГПК РФ Статья 88. Судебные расходы
 1. Судебные расходы состоят из государственной пошлины и издержек, связанных с рассмотрением дела.

Указывать не обязательно в иске об отказе от взыскания госпошлины и других средств, необходимо указать сумму взыскания и по ней оплатить госпошлину без учета судебных расходов.