Может ли налоговый орган перечить специальному?

МУП «Городское ЖКХ» обладает лицензиями на забор воды, которую в дальнейшем использует при оказании коммунальных услуг. В акте выездной налоговой проверки проверяющие установили, что налогоплательщик забирает часть воды в нарушение лицензионных требований, поскольку лицензия выдана только на разведку запасов воды, но не на ее добычу.

В письменных возражениях налогоплательщик указал, что процедура разведки запасов воды подразумевает ее откачку (изучение химического состава, давления и т.д.), и откаченная вода не возвращается в водоемы, но подлежит утилизации. У налогоплательщика данная утилизация происходит в его производственном процессе путем подпитки котельных.

В решении по результатам проверки налоговый орган отверг данный подход, указал, что лимиты использования воды налогоплательщику лицензией не установлены (лицензия подразумевает не использование, а разведку) и применил норму абзаца 1 пункта 2 статьи 333.12 НК РФ, согласно которому при заборе воды сверх установленных квартальных (годовых) лимитов водопользования налоговые ставки в части такого превышения устанавливаются в пятикратном размере налоговых ставок.

Обжалуя принятое решение, налогоплательщик сослался на акты проверок соблюдения им законодательства о недрах, в которых уполномоченный орган (Управление Федеральной службы по надзору в сфере природопользования (Росприроднадзор)) указало на отсутствие у налогоплательщика каких-либо нарушений лицензионных требований.

Может ли наловый орган не согласится с этим решением Росприроднадзора? Что будет если в итоге решение Росприроднадзора будет признано в суде недействительным?