Клиент (юридическое лицо) заказал кухню 25 марта, стоимость кухни 380 т.р,внес предоплату 210т.р. Кухня была установлена 21июня, без 2 стёкол. В принципе на функциональность это не влияло, клиент мог пользоваться кухней. Стекла довезли 11 сентября. Как посчитать неустойку, пени? Клиент просит скидку в размере 60т.р. Если договор с юр лицом, получается мы можем руководствоваться своим пунктом при расчёте пени "0.1% от предоплаты за каждый день просрочки"?

Прикрепила типовой договор(с этим клиентом под рукой нет договора)

В данном случае при выставлении Исполнителю неустойки необходимо руководствоваться условиями Договора об ответственности Сторон за просрочку исполнения обязательств. 

По условиям ст. 456 ГК Продавец обязан передать Покупателю товар, обусловленный Договором купли-продажи и в срок, согласованный в Договоре (ст. 457 ГК).

Учитывая, что кухонный гарнитур является сложной составной вещью, и в полном комплекте он был установлен только в момент установки стекол, именно эта дата и будет датой исполнения Продавцом обязанности по поставке товара, и на эту дату и может быть рассчитана неустойка за просрочку поставки.

по-моему вы не тот договор прикрепили, в нем стоимость 61 т.р.

Нужно руководствоваться условиями договора.

Можно как вариант не платить, и довести дело до суда. В суде попросить снизить размер неустойки на основании ст. 333 ГК (несоразмерность). НО — вам все равно придется возместить истцу расходы на оплату госпошлины и возможно (если он заявит) судебные расходы на оплату услуг юриста.  Т.е. тут надо оценить стоит ли овчина выделки.