Если на участие в открытом аукционе на аренду имущества пришел не сам заявитель,
а его представитель с доверенностью, но при этом в заявке не было это указано, можно ли отказать в участие данному представителю или он в праве участвовать?

Добрый день! Право лица передать иному лицу свои полномочия через доверенность предусмотрено законом, исключений именно для торгов, Гражданский кодекс РФ не содержит, поэтому ограничить участие в торгах через представителя, организатор торгов не имеет права.

Вместе с тем в силу положений п. 2 ст. 448 ГК 

Извещение о торгах должно содержать сведения о времени, месте и форме торгов, об их предмете, о существующих обременениях продаваемого имущества и о порядке проведения торгов, в том числе об оформлении участия в торгах, определении лица, выигравшего торги, а также сведения о начальной цене.

То есть порядок проведения торгов определяется организатором торгов. На практике организаторы торгов нередко указывают требования к заявке на участие в торгах, а также форму такой заявки. 

Таким образом, организатор торгов не вправе отказать в участии представителю, но вправе отказать в допуске к торгам в связи с неверным оформлением заявки. Однако такой отказ можно признать неправомерным, а уже проведенные торги — недействительными, если порядок проведения торгов, изложенный в извещении содержит неточности и расплывчатые формулировки в части требований к заявке (в 60% случаев так и происходит). В связи с вышеизложенным предлагаю Вам рассмотреть вопрос об обращении к юристу с целью изучения документов, в том числе извещения, и поиска вариантов для защиты Ваших прав. Обращаю Ваше внимание также на то, что в случае неправомерного отстранения Вашего представителя от участия в торгах, с организатора можно взыскать убытки.

С уважением, Свободный юрист.