Здравствуйте Ольга.
В штатном расписании в столбце №10 планируем написать «Надбавки за сопровождение специальных проектов устанавливаются в соответствие с трудовым договором».
Это не запрещено, т.е. такой порядок оплаты труда устанавливается в первую очередь по соглашению сторон, может быть закреплен как в трудовом договоре, так и в локальном акте утвержденном работодателем, также необходимо указать доплату и порядок ее назначения в коллективном договоре, соответственно внести в штатное расписание.
С локальными актами ознакомить работника под роспись.
ТК РФ Статья 15. Трудовые отношения
Трудовые отношения — отношения, основанные на соглашении между работником и работодателем о личном выполнении работником за плату трудовой функции (работы по должности в соответствии со штатным расписанием
ТК РФ Статья 57. Содержание трудового договора
Обязательными для включения в трудовой договор являются следующие условия:
условия оплаты труда (в том числе размер тарифной ставки или оклада (должностного оклада) работника, доплаты, надбавки и поощрительные выплаты);
ТК РФ Статья 68. Оформление приема на работу
При приеме на работу (до подписания трудового договора) работодатель обязан ознакомить работника под роспись с правилами внутреннего трудового распорядка, иными локальными нормативными актами, непосредственно связанными с трудовой деятельностью работника, коллективным договором.