Ситуация описана. Субподрядчик выполнил работ на 100 руб. Выставил счет генподрядчику в размере 120 руб в т.ч. НДС 20% . Какую сумму генподрядчик имеет право выставить счет для Заказчика без учета генподрядного вознаграждения ?Заказчик на УСН Генеральный подрядчик на УСН а субподрядчик на ОСНО . Кто возмещает и как субподрядчику НДС после выполненных работ

Михаил, доброе утро.

В соответствии с ч. 2 ст. 346 НК РФ:

Организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией (включая суммы налога, подлежащие уплате при завершении действия таможенной процедуры свободной таможенной зоны на территории Особой экономической зоны в Калининградской области), а также налога на добавленную стоимость, уплачиваемого в соответствии со ст.  161 и 174.1 настоящего Кодекса.

Учитывая то, что субподрядчик находится на ОСНО, то он  на сумму выполненных работ выписывает подрядчику счет — фактуру и выделяет отдельной строкой НДС. Далее субподрядчик регистрирует счет — фактуру в книге продаж, отражает сумму НДС в налоговой декларации и уплачивает ее в бюджет.

Ген. подрядчик, получив от субподрядчика счет — фактуру и акт выполненных работ, включает всю стоимость строительных работ с учетом НДС в состав своих расходов и отражает на счете 20 «Основное производство».

Ген. подрядчик после выполнения строительных работ по договору,  сдает их заказчику, при этом подписывается акт сдачи — приемки. Подрядчик не выписывает заказчику счет- фактуру, так как он не является плательщиком НДС. 

В случае если организация, перешедшая на УСНО, выпишет заказчику счет-фактуру, и выделит НДС, то ей придется представить декларацию по НДС за данный налоговый период.

НДС по материальным ресурсам, которые использованы организацией при выполнении строительных работ, организация не сможет предъявить к вычету из бюджета, так как не является плательщиком налога.

То есть сумму, которую выставил субчик с учетом НДС, ген. подрядчик отражает ее в составе расходов.

При этом субподрядчик был обязан выставить счет-фактуру и выделить НДС, так как он находится на ОСНО.

Михаил Богданович, добрый день!

Поскольку генподрядчик привлекает субподрядчика к выполнению работ в соответствии с заключаемым между ними договором, то и налоговые обязательства по сделке возлагаются на них.

Во-первых, если субподрядчик выставил счет генподрядчику с НДС, то генподрядчик должен оплатить помимо основной суммы, причитающейся субподрядчику, также и НДС. Генподрядчик мог бы и не платить НДС, если бы между ним и субподрядчиком было оговорено в договоре (отдельном соглашении) о невыставлении счетов-фактур согласно пп. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ. Как я понимаю, такого условия между вами нет, а значит НДС при выставлении Вам счета-фактуры платите.

Во-вторых, генподрядчик может быть на УСН доходы или УСН доходы минус расходы. Если на УСН доходы минус расходы, то НДС включаете в расходы на основании пп. 8 п. 1 ст. 346.16 НК РФ:

При определении объекта налогообложения налогоплательщик уменьшает полученные доходы на следующие расходы:
суммы налога на добавленную стоимость по оплаченным товарам (работам, услугам), приобретенным налогоплательщиком и подлежащим включению в состав расходов в соответствии с настоящей статьей и статьей 346.17 настоящего Кодекса;

Если на УСН доходы, то НДС не включаете в расходы, поскольку УСН доходы не предусматривает уменьшение доходов на расходы: п. 1 ст. 346.18 НК РФ:

В случае, если объектом налогообложения являются доходы организации или индивидуального предпринимателя, налоговой базой признается денежное выражение доходов организации или индивидуального предпринимателя.

При выставлении счета заказчику НДС в сумму оплаты за работы не включаете, поскольку в соответствии с п.п. 2 и 3 ст. 346.11 НК РФ Вы не являетесь плательщиком НДС, как и заказчик (в данных пунктах статьи предусмотрены случаи когда все-таки нужно платить НДС, но к Вашей ситуации эти случаи не относятся).