Я являюсь полноценным собственником в квартире, 5 лет назад все прописанные в квартире отдали свои доли.  Отец, который также отдал свою долю, не живет в квартире уже 15 лет:  Как можно его выписать, если полюбовно это вряд ли получиться решить, так как у нас с ним плохие отношения, где он проживает сейчас я знаю

Вам нужно обратиться в суд по месту нахождения жилого помещения с исковыми требованиями о признании отца утратившим право пользования жилым помещением  в связи с выездом на другое  постоянное место жительства и снятии его с регистрационного учета по месту жительства. Поскольку вы не знаете настоящего места постоянного проживания вашего папы, то извещение будет происходить по последнему известному месту его жительства.