В расписке по долгу срок возврата был указан 31 октября 2016 года.

Срок исковой давности (СИД) закончится этим же днем 2019 года?

Если подать в суд до 31 октября, как оно будет формироваться по дате подачи иска или по дате процесса?

Здравствуйте. Да, по дате подачи иска. Лучше подавать лично, чтобы была отметка суда в принятии иска. С момента подачи иска срок не исчисляется.