Здравствуйте Виктор.
Деньги взыщут с того, кому вы заплатили. Если карта директора была личная, то с него. Если карта корпоративная, оформленная на директора, то иск можно предъявить ООО и директору. Выяснить вам, какая у него карта будет затруднительным, так как это банковская тайна. В связи с тем, что у вас договор с ООО и вы оплатили по банковским реквизитам указанных в договоре на именную карту директора, то считая целесообразным предъявить иск к ООО и директору, о солидарном взыскании. Суд в процессе разбирательства выяснит, кто в итоге получил деньги от вас.
С уважением Нурлан Алимбетов.