Уважаемая Ольга, здравствуйте!
В письме Минфина России от 28.07.2010 N 03-07-11/315 разъясняется, что увеличение налоговой базы на суммы, не связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг), НК РФ не предусмотрено:
Увеличение налоговой базы на суммы, не связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг), Кодексом не предусмотрено.
Учитывая изложенное, вышеуказанные денежные средства, полученные продавцом за нереализованные товары, в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость не включаются.
В Вашей ситуации произошло хищение товара, что не является реализацией.
Поэтому собственник товара не имеет права облагать похищенные товары НДС.
Суды также считают, что сумма возмещения убытков (ущерба), полученная организацией, не облагается НДС, поскольку не связана с реализацией товаров, работ, услуг. См. например, постановление ФАС Московского округа от 22.08.2011 N Ф05-7956/11:
Перечисление денежных средств поставщиком товара ненадлежащегокачества, согласно выставленной покупателем претензии, является не
реализацией товаров (работ, услуг), а возмещением понесенных покупателем по вине продавца расходов (убытков). Следовательно, в данной ситуации объекта налогообложения по НДС не возникает.
С уважением, Роман Артемьев.