Был построен дом на собственном земельном участке, но не был соблюден отступ 5 метров от границы, администрация отказывается признавать дом, считает самовольной постройкой, разрешение на отклонение от норм по Градостроительным нормам не прошло, так же отказ, идти ли в суд или что делать в этом случае

Доброго времени суток! 
Да, именно в суд вам и необходимо обратиться, для узаконивания вашей ситуации. Поверьте так будет и быстрее и надежнее.
Это не исчерпывающая информация.
Дать более подробную консультацию не представляется возможным, так как информации недостаточно, а данные случаи специфичны и индивидуальны.
Если, что-то осталось неясным или нужна дополнительная помощь, обращайтесь  в чат, я или мои коллеги обязательно поможем. 
Удачи и успехов вам.