Георгий, здравствуйте.
Исчисление НДФЛ (13%) и страховых взносов не зависит от фактически отработанного времени работников, а зависит от суммы выплаченной заработной платы, страховые взносы исчисляюются исходя из тарифов, установленных статьей 425 НК РФ. Если Вы имеете право на применение пониженных тарифов, то руководствуйтесь ст.427 НК РФ. Зарплату выплачиваете за минусом НДФЛ. Например, з/п по трудовому договору 1000 рублей. НДФЛ 13%=130 рублей. К выплате работнику на руки 1000-130=870 рублей. Страховые же взносы перечисляются в бюджет за счет средств работодателя.
С уважением, Е.Каргапольцев