В праве ли я платить агентству по недвижимости,,если я отказалась с ними работать, но я подавала заявку на ипотеку через это агентство?

Между вами и агентством недвижимости наверняка был заключен договор об оказании услуг. Условия договора  нужно исполнять. 

Однако вы вправе отказаться от исполнения договора. Но, если агентство уже сделало для вас какую-то работу, то она должна быть оплачена

ГК РФ Статья 782. Заказчик вправе отказаться от исполнения договора возмездного оказания услуг при условии оплаты исполнителю фактически понесенных им расходов.