Добрый день! Подскажите пожалуйста, могу ли я продать квартиру, купленную за мат.капитал, собственники несовершеннолетние и я, по 1/3 доли. Детям по договору дарения принадлежит другая квартира, большей площади, и по 1/2 доли.

Продать можете, как законный представитель несовершеннолетних детей. Однако на совершение такой сделки вам нужно будет получить разрешение органа опеки. Он его даст , если одновременно детям в собственность будет предоставлено другое аналогичное жилье:

ГК РФ Статья 37.  Опекун не вправе без предварительного разрешения органа опеки и попечительства совершать, а попечитель — давать согласие на совершение сделок по отчуждению....