Добрый день.
Давайте исходить из даты заключенного Вами договора 01.06.2018 г.
На указанную дату, ст. 56 ФЗ «Об образовании в РФ» в редакции от 07.03.2018 г. предусматривал, что
7. Гражданин, не исполнивший обязательства по трудоустройству, за исключением случаев, установленных договором о целевом обучении, обязан возместить в полном объеме органу или организации, указанным в части 3 настоящей статьи, расходы, связанные с предоставлением ему мер социальной поддержки, а также выплатить штраф в двукратном размере относительно указанных расходов. Орган или организация, указанные в части 3 настоящей статьи, в случае неисполнения обязательства по трудоустройству гражданина выплачивает ему компенсацию в двукратном размере расходов, связанных с предоставлением ему мер социальной поддержки.
При этом необходимо принять во внимание требования ст. 422 ГК РФ
2. Если после заключения договора принят закон, устанавливающий обязательные для сторон правила иные, чем те, которые действовали при заключении договора, условия заключенного договора сохраняют силу, кроме случаев, когда в законе установлено, что его действие распространяется на отношения, возникшие из ранее заключенных договоров.
Поскольку у Вас в договоре в п. 2.4.8. предусмотрена выплата штрафа — то он подлежит удержанию согласно условиям договора, что согласовано с правилами о применении закона действующего на момент заключения Вами договора.