Здравствуйте. 20 лет назад меня привлекали по ст 213 ч 2 , по итогу ничего не доказали и дело отдали на доследование, затем его закрыли, т.е меня не осудили.

И вот спустя 20 лет я подала документы на регистрацию ИП и налоговая мне отказала в регистрации, аргументируя что есть судимость по ст 213 с 2 УК РФ.

Куда нужно обратиться с этим вопросом? Ведь по факту я не была осуждена.

Здравствуйте, Светлана! Хорошо бы ознакомиться с письменным отказаом. Само по себе наличие судимости не может по закону являться основанием для отказа в регистрации ИП. 

Основанием может быть только 

если физическое лицо — учредитель (участник) юридического лица, являющегося коммерческой организацией, или физическое лицо, регистрируемое в качестве индивидуального предпринимателя, на основании вступившего в силу приговора суда лишено права заниматься предпринимательской деятельностью на определенный срок и такой срок не истек.

Но, как я понимаю, это не Ваша ситуация. Соответственно, отказ незаконен. Вы вправе обратиться в суд с заявлением  о признании незаконным решения регистрирующего органа об отказе в государственной регистрации индивидуального предпринимателя.