Просрочка по договору, в договоре срок исполнения был указан 15 дней. По факту работы проходили в течении двух месяцев. Акт выполненных работ был подписан обоими Сторонами, полтора месяца прошло а оплаты нет, что делать?

Писать претензию должнику. По результатам рассмотрения претензии должником, наплавлять исковое заявление в суд, который указан у вас в договоре с требованием о взыскании оплаты по договору.