Здравствуйте!
Все зависит от того, что постановил суд? Если принято решение взыскать пени, то налоговая вправе начислять пени.
В силу п. 1 ст. 45 НК РФ налогоплательщик должен самостоятельно исполнить обязанность по уплате налога (если иное не предусмотрено налоговым законодательством).
В случае неисполнения обязанностей по оплате налога инспекция направляет требование. После чего начинается этап принудительного исполнения, - обращение за выдачей судебного приказа и в суд.
Если налоговой инспекцией были соблюдены все требования законодательства и если меры к принудительному взысканию были приняты своевременно, то взыскание пеней правомерно.