Здравствуйте, Андрей! ЦЖЗ будет погашен за Вас, а ипотеку, что брали в банке будете погашать сами.
При этом, если на Вашем накопительном счете будет остаток средств (это возможно, если взнос от государства больше, чем платеж по ипотеке), то Вам его выплатят и закроют счет:
Статья 13. Открытие и закрытие именных накопительных счетов участников
2. После увольнения участника накопительно-ипотечной системы с военной службы и в случаях, предусмотренных статьей 12 настоящего Федерального закона, именной накопительный счет участника закрывается и его участие в накопительно-ипотечной системе прекращается. Порядок использования накопленных средств после закрытия именного накопительного счета участника определяется Правительством Российской Федерации.