Здравствуйте.
Я Индивидуальный Предприниматель РБ, заключил договор с компанией РФ.
Оказываю услуги онлайн консультацию их клиентов, обучение и тех поддержку, формулировка в договоре "1.1. Исполнитель принимает на себя обязательство оказывать Заказчику услуг консультации в области компьютерных технологий, обучении пользователей и оказании им технической поддержки, а Заказчик обязуется принять и оплатить Услуги. "
Скажите пожалуйста, должна ли РФ компания платить НДС? Компания работает по УСН без НДС

Здравствуйте, Максим! Применение российской компанией УСН освобождает её от уплаты НДС. 

Статья 346.11 НК РФ, по нормам которой фирмы, работающие на УСН, не признаются плательщиками НДС, за исключением случаев, касающихся:

ввоза товаров в РФ;
налога, обозначенного в ст. 174.1 НК РФ (операции по договорам простого товарищества и доверительного управления).

Чтобы ни у кого не осталось сомнений, я бы рекомендовал Вам ответственно подойти к составлению договора.