Добрый день!
В соответствии со ст. 226 НК РФ Российские организации, индивидуальные предприниматели, нотариусы, занимающиеся частной практикой, адвокаты, учредившие адвокатские кабинеты, а также обособленные подразделения иностранных организаций в Российской Федерации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в пункте 2 настоящей статьи, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со статьей 224 настоящего Кодекса с учетом особенностей, предусмотренных настоящей статьей.
Таким образом, при заключении между организацией и сотрудником гражданско-правового договора организация является налоговым агентом и обязана исчислить, удержать из вознаграждения и перечислить за сотрудника соответствующую сумму налога.