Как оформить расчет отпускных при исполнении обязанностей?

Добрый день. Сложилась спорная ситуация. Работник с работы по трудовому договору переведен 100 % на работу по срочному договору. В течении года работает по нему и получает оклад. С июня месяца с этим работником подписывается дополнительное соглашение к трудовому договору об исполнении обязанностей и начислении доплаты. В сентябре работник уходит в отпуск. Как правильно рассчитать отпускные.