Здравствуйте, отказывают в отсрочке в военкомате. Я поступил в магистратуру после бакалавриата(но там, меня отчисляли на 3-м курсе и я восстановился спустя год, доучился, получил диплом), принес справку с Вуза, прошел комиссию в военкомате. Но мне сказали, что из-за прошлого отчисления, мне не положена отсрочка. Это действительно так?

Нет, не так. Вам обязаны предоставить вторую отсрочку, т.к. вы обучаетесь по программе магистратуры, при условии, что поступили в магистратуругод получения высшего образования по программам бакалавриата — см. пп.«а» п.2 ст. 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе».

Эта новая отсрочка и к ней не применима норма, которая касается сохранения отсрочки, 

восстановившимся в той же образовательной организации (за исключением граждан, восстановившихся в образовательных организациях после отчисления по инициативе образовательной организации), если срок, на который гражданину была предоставлена отсрочка от призыва на военную службу для обучения в данной образовательной организации, не увеличивается;