Если в качестве объекта налогообложения вы выбрали ДОХОДЫ, то платить должны в вашем примере со 100 тыс., поскольку 98 тыс. это ваши РАСХОДЫ и, если вы хотите их минусовать, то объектом налогообложения следует выбирать ДОХОДЫ-РАСХОДЫ (ставка 15%)
Статья 346.20. Налоговые ставки
1. В случае, если объектом налогообложения являются доходы, налоговая ставка устанавливается в размере 6 процентов. Законами субъектов Российской Федерации могут быть установлены налоговые ставки в пределах от 1 до 6 процентов в зависимости от категорий налогоплательщиков. В случаях, предусмотренных пунктами 3 и 4 настоящей статьи, законами субъектов Российской Федерации может быть установлена налоговая ставка в размере 0 процентов.
2. В случае, если объектом налогообложения являются доходы, уменьшенные на величину расходов, налоговая ставка устанавливается в размере 15 процентов. Законами субъектов Российской Федерации могут быть установлены дифференцированные налоговые ставки в пределах от 5 до 15 процентов в зависимости от категорий налогоплательщиков.
К доходам относятся:
1) доходы от реализации товаров (работ, услуг) и имущественных прав (далее — доходы от реализации).
2) внереализационные доходы.