Я работал с октября 2017 на водоканале, по октябрь 2019. Проходил мед осмотр, оплатило мне его начальство. Теперь я уволился, а они мне не отдают мед книжку. Вопрос: имеют ли они на это право? Если нет то каким способом можно забрать мед книжку?

Это ваш документ, забрать имеете право, если не возвращают Ваше имущество можете обратиться в полицию.