Добрый день Ирина!
Из описанных обстоятельств следует, что Вы арендуете помещение на основании договора аренды, если это так, то арендная плата должна вноситься согласно условиям, указанным в договоре. Что касается внесения арендной платы через банк, то это не несет никаких правовых последствий для Вас как арендатора. В договорных отношениях Вы являетесь источником дохода для организации, а не наоборот, поэтому нет необходимости регистрироваться в качестве индивидуального предпринимателя или в ином статусе, поскольку у Вас непосредственно никакого дохода не возникает (не Вы оплачиваете налоги, а организация-арендодатель).