Общий смысл таков: чиновник министерства обороны считает, что действие федерального закона соц. защиты не распространяется на организации (санатории) МО.
Я живу в удаленном районе. Как и куда подавать жалобу в суд?

Подаете жалобу в военный суд по месту своей дислокации.