У меня заканчивается срок прохождения военной службы по призыву, так как я нахожусь в другом городе возник такой вопрос: могу ли я сняться с учёта не по месту прописки, не с того военкомата с которого призывался?

Здравствуйте, Иван! Сходите в военкомат в том городе, в котором находитесь и обьясните ситуацию, он сам lдолжен сделать всю процедуру.Кстати, вы обязаны туда идти.Вот цитата из закона 

Статья 10. Обязанности граждан по воинскому учету
явиться в двухнедельный срок в военный комиссариат для постановки на воинский учет, снятия с воинского учета и внесения изменений в документы воинского учета при переезде на новое место жительства, расположенное за пределами территории муниципального образования, место пребывания на срок более трех месяцев либо выезде из Российской Федерации на срок более шести месяцев или въезде в Российскую Федерацию