У меня микроавтобус 18+1. Работает на маршруте, заключён договор с фирмой, автобус получается у них в аренде. У них есть лицензия. Могу ли я сделать себе личную лицензию, для личных нужд. И иметь две лицензии

Если вы можете выполнить требования, какие предъявляются для получения лицензии, то тогда сможете ее получить.