Добрый день! Имеет ли сын долю в доме, в котором живет его отец один и прописан один. А сам сын там не прописан!?

Здравствуйте. Если Вы не являетесь собственником доли в доме, то доли Вы не имеете. Прописка в доме не влияет на право собственности на имущество.

Он может претендовать на долю (обязательную долю или все имущество) только в случае смерти отца и открытия наследства (при отсутствии завещания на иное лицо). При описанной Вами ситуации, права на долю  в доме своего отца он не имеет.