Наталья, здравствуйте.
Отказ нотариуса правомерен. Но свидетельство о наследстве после определения долей в квартире можно не получать, если в наследство вам переходит только доля в квартире.
Совсем недавно мы через суд устанавливали доли в квартире, собственность на которую была оформлена в совместную собственность.
Одновременно с заявлением об определении долей мы в суде заявили признание права на наследство доли умершего.
Таким образом, в результате мы получили решение, в котором квартира была поделена на доли, и в котором доля умершего перешла по наследству наследнику.
С этим решение мы сразу оформили право собственности на долю в Росреестре (к нотариусу повторно уже не обращались).