Есть не погашенная задолженность по выполненному контракту с муниципальным образованием. Они прислали уведомление о начале ликвидации организации. Можем ли мы претендовать на возврат задолженности и какие обязательные шаги мы должны предпринять?

Ликвидация с чем связана? Если не с банкротством, то пока они не выплатят долги их налоговые органы не ликвидируют и не внесут запись в ЕГРЮЛ.