Служу по контракту.Увольняюсь на испытательном сроке.При разговоре по поводу увольнения прямой командир начал угрожать мне физической расправой.И добавил при этом,что если не буду являться на службу то оформит мне СОЧ.и как мне поступать?за свою жизнь стало страшно

Как военнослужащий, а не как юрист, отвечу Вам прямо.

Добиться от военного уважения к себе, довольно сложно. Угроза обратиться в прокуратуру или в ВСО не приведет ни к чему хорошему, только раззадорит наглого офицера. Возьмите ситуацию в свои руки, попытайтесь поговорить один на один. Если не выйдет, то зафиксируйте нарушение Ваших прав, заручитесь поддержкой свидетелей и прямиком в военный следственный отдел по Вашему гарнизону, писать заявление, в данном случае явно усматриваются признаки ст. 119 УК РФ.