Здравствуйте, с 1 сентября я пошла в отпуск, а 3 сентября я заболела, и до сих пор болею, так как была операция, больничный закроют в январе, так как будет инвалидность. Бухгалтерия мне говорит, чтобы я вернула деньги за отпуск, так каким надо закрыть год

Добрый день!  

Если при этом период отпуска уже оплачен, то удержать сумму отпускных из заработной платы работника нельзя: такая ситуация не относится к случаям возможного удержания (ст. 137 ТК РФ). К сожалению, законодатели не рассмотрели случаи возврата отпускных в Трудовом кодексе. Ст. 137 ТК РФ предусматривает возможность удержания излишне выплаченных отпускных лишь при увольнении. 

В Вашем случае возможно будет засчитать  выплаченные отпускные за неиспользованные дни в  пособия по нетрудоспособности и сделать это можно, только получив письменное согласие  от Вас  согласие.