Григорий, добрый вечер! Выскажу мнение по Вашему вопросу.
Первым делом я бы рекомендовал Вам просто поговорить с бывшим начальством, потребовать вернуть Вам деньги (можете дать им срок, скажем неделю). Пригрозите, что в случае невозврата денег, Вы будете действовать через Следственный комитет и через суд.
Если деньги Вам в установленный Вами срок не вернут, тогда пишите заявление в Следственный комитет по факту невыплаты заработной платы за 3 месяца. Потому что невыплата зарплаты за 3 месяца — это по идее уголовное дело для руководителя организации.
Ст. 145.1. УК РФ:
2. Полная невыплата свыше двух месяцев заработной платы, пенсий, стипендий, пособий и иных установленных законом выплат или выплата заработной платы свыше двух месяцев в размере ниже установленного федеральным законом минимального размера оплаты труда, совершенные из корыстной или иной личной заинтересованности руководителем организации, работодателем — физическим лицом, руководителем филиала, представительства или иного обособленного структурного подразделения организации, — наказывается штрафом в размере от ста тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до трех лет, либо принудительными работами на срок до трех лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового, либо лишением свободы на срок до трех лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового.
Эти дела подследствены Следственному комитету РФ. В заявлении Вам надо обязательно указать в том числе, что у Вас была устная договоренность с начальством, о том, что задолженность перед Вами погасят в частном порядке. И про заявление на отпуск без сохранения зарплаты, которое Вас вынудили написать обманным путем, и про расписку — все пишите как было, в свободной форме, но подробно. Если найдутся свидетели, готовые подтвердить, что Вы эти 3 месяца не отдыхали, а работали — это хорошо. Конечно, далеко не факт, что они (СК) возбудят уголовное дело по Вашему заявлению. Во-первых, у нас правоохранительные органы вообще не всегда охотно «шевелятся», а, во-вторых, у работодателя есть четкий аргумент в виде Вашего заявления на отпуск. Но попытка — не пытка, попробуйте. Если дело возбудят, тогда полагаю с Вами быстро рассчитаются, Ваше бывшее начальство испугается, скорее всего.
Если вариант со Следственным комитетом не пройдет, потом уже можно через суд пытаться взыскать деньги по расписке, как рекомендуют коллеги.
В трудовую инспекцию обращаться большого смысла не вижу, работодатель покажет Ваше заявление на отпуск и на этом проверка заглохнет, скорее всего. В прокуратуру обращаться смысла нет примерно по той же причине, хотя попробовать можно. Проверки по факту невыплаты зарплаты они (прокуратура) обычно проводят сами (а не пересылают заявление в трудовую инспекцию).
С уважением!