Здравствуйте, Елена!
в силу ст 16 ФЗ «Об ООО»
Каждый учредитель общества должен оплатить полностью свою долю в уставном капитале общества в течение срока, который определен договором об учреждении общества или в случае учреждения общества одним лицом решением об учреждении общества и не может превышать один год с момента государственной регистрации общества. При этом доля каждого учредителя общества может быть оплачена по цене не ниже ее номинальной стоимости.
В случае неполной оплаты доли в уставном капитале общества в течение срока, определяемого в соответствии с пунктом 1 настоящей статьи, неоплаченная часть доли переходит к обществу. Такая часть доли должна быть реализована обществом в порядке и в сроки, которые установлены статьей 24 настоящего Федерального закона.
Т.о. в силу императивного требования закона, неоплаченная доля участника общества по истечении установленного для ее оплаты срока переходит к обществу.
В налоговый орган необходимо представить заявление по форме Р14001, а также документы, подтверждающие факт перехода доли к обществу.
Поскольку участник, не оплативший свою долю, утрачивает статус участника общества, следовательно, общество будет иметь только одного участника, его решения оформляются в форме решений. Вы можете представить в налоговый орган решение единственного участника общества, которым неоплаченная доля переходит к ООО, а также приложить извещение второго участника об утрате им статуса участника общества ( известить все таки стоит на это указано, напр, в постановление ФАС Уральского округа от 17.07.2008 N Ф09-4813/08-С4 по делу N А76-24177/2007-11-861)