По факту арендатор скрывает свое местонахождение. Из вопроса складывается мнение, что арендатор фактически прекратил плату за аренду. Следовательно им нарушены существенные условия договора. В данном случае какое-либо исправление в документации не требуется. Для прекращения договорных отношений необходимо направить письмо в адрес арендатора (адрес в договоре) об одностороннем расторжении договора в силу ст. 450 ГК РФ. С момента почтового отправления данного письма арендатору, прекращаются арендные отношения, если иное не предусмотрено договором аренды. Поскольку НДС исчисляется из суммы дохода по выставленному счет-фактуре, соответственно, с момента прекращения арендных отношений такой документ не выставляется и НДС не уплачивается.
НДС уплачивается от суммы дохода фактически поступившей от арендатора на счет арендодателя. Так как прибыль Вами не получена, обязанность уплаты НДС не возникает.