Я являюсь собственником жилого помещения в доме, признанным аварийным. Мэрия города предлагает заключить соглашение, и выкупить наше помещение для муницип. нужд. Должна ли я буду платить налог, как при обычной продаже жилья, с суммы выкупа в будущем?

Ирина, если Вы являетесь собственником указанного помещения более 5-ти лет, то  налог с продажи Вы не платите. Если указанное жилое помещение приобретено Вами по  сделке дарения от близкого  родственника либо  путем принятия наследства — то налог не платиться если вы являетесь собственником свыше 3-х лет.
Таким образом, что бы правильно ответить на Ваш вопрос необходимо уточнить — как давно Вы владеете данным помещением и на каком основании стали его собственником?