ООО имеет две печати, одна для документов, а вторая основная (банковская). В печати для документов фирменное название организации написано маленькими буквами, а в основной большими. в печати для документов ошибка?

Если наименование организации в печати не совпадает с наименованием в уставе, то да, ошибка. Лучше переделать печать, указав на ней правильное наименование организации.