Военкомат отказывается выдавать военный билет по месту временной регистрации и утверждает, что я должен получать военный билет в военкомате по месту постоянной регистрации. Хотелось бы понять чем регламентируется процесс выдачи военного билета лицам прошедшим обучение по программе подготовки офицера запаса на военной кафедре.

Здравствуйте, Андрей! 

В соответствии с Приказом Министра обороны РФ от 2 октября 2007 г. N 400 «О мерах по реализации постановления Правительства Российской Федерации от 11 ноября 2006 г. N 663»

19. Основанием для снятия с воинского учета гражданина, не пребывающего в запасе, прошедшего обучение по программе подготовки офицера запаса на военной кафедре (в учебном военном центре) образовательного учреждения высшего профессионального образования, является выписка из приказа Министра обороны Российской Федерации о присвоении ему воинского звания офицера запаса. При этом копия выписки из указанного приказа приобщается к личному делу призывника и оно помещается в соответствующий раздел архива личных дел призывников. Удостоверение изымается и уничтожается в установленном порядке.

14. При поступлении соответствующих подтверждающих документов решением военного комиссара с воинского учета призывников снимаются граждане:

зачисленные в запас с присвоением воинского звания офицера;

Соответственно, если Вы предоставите соответствующее основание, Вам обязаны будут выдать военный билет.

На воинском учете Вы можете состоять и по месту временного пребывания.

ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», статья 8: 

Отсутствие у граждан регистрации по месту жительства и месту пребывания не освобождает их от обязанности состоять на воинском учете и не может служить основанием для отказа в постановке их на воинский учет.