Уважаемый Сергей!
Вы пишете, что «в 2015 переведён на основную работу ген. директором», а ранее была внесена запись о совместительстве? Первая запись является незаконной, так как имея регистрацию ИП, Вы не состоите в трудовых отношениях с работодателем, а являетесь самостоятельным участником экономической деятельности. Трудовые отношения возникают при заключении трудового договора между работником и работодателем. В качестве предпринимателя Вы сами платите налоги, а в должности генерального директора за Вас платит налоги работодатель. Это разные виды деятельности, которые могут быть ограничены только Вашим здоровьем, возможностью выполнять трудовые функции, закрепленные трудовым договором и предпринимательской деятельностью.
Занятие предпринимательской деятельностью одновременно с трудовым договором запрещено законом только для госслужащих и военных. Так, согласно п.3 ч.1 ст.17 ФЗ №79-ФЗ от 27.07.2004г. «О государственной гражданской службе Российской Федерации»:
Статья 17. Запреты, связанные с гражданской службой
1. В связи с прохождением гражданской службыгражданскому служащему запрещается:
Система ГАРАНТ: base.garant.ru/12136354/3/#block_1702#ixzz45ATq1S6V
3) заниматься предпринимательской деятельностью лично или через
доверенных лиц, а также участвовать в управлении хозяйствующим субъектом (за исключением жилищного, жилищно-строительного, гаражного
кооперативов, садоводческого, огороднического, дачного потребительских
кооперативов, товарищества собственников недвижимости и профсоюза,
зарегистрированного в установленном порядке), если иное не предусмотрено
федеральными законами или если в порядке, установленном нормативным
правовым актом Российской Федерации или субъекта Российской Федерации в
соответствии с федеральными законами или законами субъекта Российской
Федерации, ему не поручено участвовать в управлении этой организацией;
Система ГАРАНТ: base.garant.ru/12136354/3/#block_1702#ixzz45ATWCYkW
Военнослужащим запрещено совмещение индивидуального предпринимательства на основании п. 7 ст. 10 ФЗ от 27 мая 1998 г. N 76-ФЗ «О статусе военнослужащих».
Думаю, Вам надо сделать запись в трудовой книжке без отметки «по совместительству».